Marion Jones heiratete 1998 den Kugelstoßer Cottrell J. Hunter. Dieser war vor den Olympischen Spielen 2000 mit dem Dopingmittel Nadrolon getestet worden. Marion Jones verteidigte ihn anfangs, die Ehe wurde 2001 geschieden. Bei den Olympischen Spielen in Sidney kam sie im Laufen über 100m, 200m und 4x400m jeweils als erste übers Ziel, im Weitsprung und in der 4x100m Staffel belegte sie einen dritten Platz. In den Medien wurde schon der Vergleich zu Wilma Rudolph gezogen. 2003 wurde von Journalisten ein Dopingskandal um das amerikanische Unternehmen Bay Area Laboratory Co-Operative (BALCO) aufgedeckt. Diese Firma hatte jahrelang Trainer und deren amerikanische und europäische Spitzensportler mit Designersteroiden versorgt. Auf der BALCO-Kundenliste stand auch Marion Jones. Sie leugnete von BALCO Dopingmittel erhalten zu haben. 2005 wurde Jones auf Grund erster Anschuldigungen zu vielen Meetings nicht mehr eingeladen. Im Juni 2006 wurde sie positv auf EPO (Erythropoetin), ein leistungssteigerndes Mittel, getestet, da allerdings die B-Probe negativ war, galt sie weiterhin als unschuldig. Sie verkündete sogar über die Medien, dass ihre Unschuld jetzt endgültig bewiesen sei. Im Oktober 2007 bekannte sich Jones schließlich vor Gericht in New York schuldig gedopt und beim Dopingermittlungsverfahren zu den Olympischen Spielen 2000 gelogen zu haben. Ihr Trainer Trevor Graham hatte ihr Nahrungsergänzungsmittel gegeben, über die sie nicht reden sollte. Sie spürte die leistungssteigernde Wirkung. Dieses Geständnis hatte weitreichende Folgen. Da sie zweimal unter Eid ausgesagt hatte nie gedopt zu haben, wurde sie zu 6 Monaten Gefängnis und 400 Stunden gemeinnütziger Arbeit verurteilt. In einem weiteren Urteil wurde sie zur Rückgabe von $ 700.000 Preisgeldern und $ 100.000 Förderungen durch die USA verurteilt. Zu diesem Zeitpunkt soll Jones nur noch $ 2.000 besessen haben, da sie all ihr Geld für ihre Anwälte verwendet hatte. Sie war bankrott. Darüber hinaus wurden ihr all ihre 5 Medaillen der Olympischen Spiele 2000 aberkannt, sie hat sie zurückgegeben. Da die zweite über 100m Ekaterini Thanou vor den Olympischen Spielen 2004 auch eines Dopingvergehens überführt wurde, bleibt die Goldmedaille vakant. Nach Klagen von Läuferinnen der Staffeln, wurden die Disqualifikationen der USA wieder zurückgenommen und diese Läuferinnen konnten ihre Medaillen behalten, da es im Jahr 2000 noch keine ausdrückliche Regelung gab, dass bei Dopingverstoß eines Staffelmitglieds die gesamte Staffel disqualifiziert wird. 2012 reiste Jones als Gesandte des Außenministeriums in der Welt herum um ihre Geschichte vor Jugendlichen zu erzählen, damit diese genau überlegen welche Entscheidungen sie treffen. Ihr Karrieresprung von der Doperin zur Diplomatin ist vielerorts umstritten.